コーヒーの精製方法（コーヒーの実からコーヒー豆の部分を抽出する工程）はいくつかありますが、リモンシリョ農園は「ナチュラル製法」と呼ばれるコーヒー豆を自然光（天日干し）で乾燥させ、コーヒー豆を抽出する工程を採用しています。（ナチュラル製法は海水から塩を作っているイメージに近い作り方です。）

しかし、この農園では、精製方法も創意工夫がなされており、日本の農園でもよく見られる寒冷紗（黒い布のようなシート）を引き、空気と水を通過させ、風通しの良い状態で乾燥工程でのコーヒーの品質劣化を防いだり、三段ベットのビニールシートで乾燥具合に敢えて差をつけ、コーヒーの風味の深みがでるようなど、細部にまでこだわった生産をされています。